2003年5月12日，经第15次市委常委、副市长联席会议讨论，同意建设东江纵队展览馆。

　　2003年9月27日，东江纵队纪念馆筹建领导小组成立，由市委宣传部、市文化局、市党史研究室、市老干部局、市民政局、市财政局、市城建规划局、市建设局、大岭山镇领导同志组成。

　　2003年9月30日，东江纵队纪念馆筹建领导小组办公室向广州、东莞等地的东江纵队老同志发出《关于征集东江纵队历史文物给老同志的一封信》，全面征集东纵革命文物。

　　2004年5月，东江纵队纪念馆筹建办委托华南理工大学编制《东莞市大王岭村文物保护规划》经省文化厅批准，6月交由东莞市和大岭山镇两级规划部门依法实施。

　　2004年6月24日，东江纵队纪念馆建筑及环境设计方案审定，进入施工图设计阶段。

　　2004年7月22日，大岭山抗日根据地旧址进行全面维修， 11月22日全面竣工，并顺利通过省文化厅的工程验收。

　　2004年8月30日，在市建设工程交易中心对基建工程进行了公开招投标，深圳市新世界建筑工程有限公司中标，并于9月初进驻现场，进行局部施工，9月27日全面开工。

　　2004年12月中旬，东江纵队纪念馆陈列提纲通过筹建领导小组审定。

　　2004年12月27日，广东省第一建筑工程有限公司承接基建后续工程。

　　2004年12月28日，经过邀请招投标会和市领导审定，由广东省集美设计工程公司承接我馆展览设计制作及室内装修设计施工项目，随后进入深化设计阶段。

　　2005年2月28日，第5次市委常委、副市长联席会议通过，纪念馆定名为广东东江纵队纪念馆。

　　2005年3月14日，东莞市新感觉园林绿化有限公司和北京燕山石油化工公司建筑工程公司的联合体中标承建广东东江纵队纪念馆园建、绿化、景观照明及旧别墅改造工程。

　　2005年3月22日，原广东省委书记林若，原省政协副主席、东江纵队老同志郑群，亲临广东东江纵队纪念馆施工现场视察工作。

　　2005年5月下旬，大岭山抗日根据地旧址复原陈列布展完成。

　　2005年7月底，广东东江纵队纪念馆工程项目基本完工。

　　2005年9月3日，广东东江纵队纪念馆开馆。原省委书记林若、原省政协副主席郑群等省市领导、东江纵队老同志代表、部队官兵及学生代表参加了开馆仪式。

　　2005年10月29日，我馆邀请东纵老战士张锦标来馆开展“保持革命本色、增强团员意识”专题讲座。

　   2006年4月19日，原东江纵队副司令员王作尧遗孀何瑛、原东江纵队港九大队政治委员陈达明夫妇一行来我馆参观。

　　2006年5月18日，我馆与东莞市理工学院城市学院举行共建实习基地挂牌仪式。

　　2006年5月，我馆被团中央命名为第四批全国青少年教育基地。

　　2006年6月30日，我馆被授予东莞市“两新”组织党员教育基地称号。

　　2006年6月，大岭山抗日根据地旧址被国务院核定公布为第六批全国重点文物保护单位。

　　2006年7月24日，我馆创新推出“东纵小战士”红色夏令营活动。

　　2006年11月28日，我馆被授予东莞市首个中共党史教育基地称号并举行挂牌仪式。

　　2007年6月7日，我馆与广东外贸外语大学共建党员教育基地并举行挂牌仪式。

　　2007年6月30日，来自京广两地和港澳地区的东边纵队后代120多人相聚我馆举行纪念东纵北撤61周年联谊座谈会。

　　2007年7月6日，我馆与中国人民解放军75207部队举行军民共建爱国主义教育基地挂牌仪式。

　　2007年8月3日，我馆首次推出东纵史实流动图片展，在黄江镇裕元工业区展出。

　　2007年12月26日，我馆首次举办“港九小英雄”红色冬令营，来自香港的近百名小学生及家长参加了活动。

　　2008年4月9日，我馆被命名为首批“东莞市爱国主义教育基地”。

　　2008年6月，我馆被中共广东省委组织部命名为广东省党员教育基地。

　　2008年8月2日，抗战期间被东江纵队营救的美军飞虎队克尔中尉之子戴维.克尔在穗港部分东纵后代的陪同下来馆参观并赠送感谢信及珍贵历史照片。

　　2008年8月，我馆策划推出东江民俗文化展。

　　2008年10月，我馆被授予东莞市红领巾体验教育基地称号。

　　2009年1月，原东江纵队政委尹林平之女尹小平一行来馆参观。

　　2009年2月27日，抗战期间被东江纵队营救的美军飞虎队克尔中尉两位儿子及儿媳一行四人前往我馆捐赠其父当年作战所穿的飞虎队军衣。

　　2009年5月1日，我馆正式面向社会公众免费开放。

　　2009年8月，我馆正式被市纪委指定为东莞市首个反腐倡廉革命传统教育基地。

　　2009年9月，我馆被授予东莞市国民旅游休闲计划示范单位称号。

　　2010年6月，我馆获中共广东省委宣传部授予广东省爱国主义教育基地称号。

　　2010年7月，原东江纵队港九大队政委陈达明的夫人梁牧向我馆捐赠油画等参展作品。

　　2010年7月，原东江纵队老同志杜襟南、黄梅夫妇向我馆捐赠书法作品。

　　2010年11月，在大岭山镇举办的纪念黄潭战斗70周年座谈会上，原东江纵队司令员曾生的儿子曾德平代表广州东江纵队后代联谊会向我馆赠送锦旗；原工农红军第十一军军长、广东省委书记古大存的儿子古广贤向我馆捐赠图书。

　　2010年12月，我馆编辑完成《刀锋岁月》并付出版社出版。

　　2011年5月26日，我馆与广东科技学院共建爱国主义教育基地，举行挂牌仪式

　　2011年9月25日，《东江纵队之歌》曲作者史野老先生及家人前来我馆参观。

　　2011年11月19日，我馆与武警广州指挥学院共建爱国主义教学基地，举行揭牌仪式。

　　2011年12月，我馆团支部成功创建广东省青年文明号。

　　2012年12月，基本陈列《东江铁流，南粤旌旗》全面完成更新改造，展厅照片增至650余幅，文物展品近300件。

　　2013年1月10日，我馆与广东医学院共建爱国主义教育基地，举行挂牌仪式。

　　2013年3月27日，美籍华侨陈灿培博士向我馆捐赠了二战时期美军飞虎队军服等文物30多件（套）。

　　2013年10月31日，省委组织部纪录片摄制组前来我馆拍摄党员教育纪录片《基石》。

　　2013年12月2日，举办“东莞城市记忆”纪念东江纵队成立70周年暨主题征文颁奖仪式。

　　2014年1月，我馆前广场中央领导人题词碑墙竣工。

　　2014年4月10日，我馆被全国旅游景区评定委员会评定为国家4A旅游景区。

　　2014年12月5日，我馆与广东创新职业技术学院共建爱国主义教育基地，并举行挂牌仪。

　　2015年1月4日，我国优秀书报刊收藏家、中国收藏家协会书报刊收藏委员会副秘书长姚嘉康先生专程到我馆捐赠东江纵队抗日斗争革命故事系列连环画。

　　2015年1月，我馆在大岭山抗日根据地旧址中山书院配套展出《东江民俗文化展》。

　　2015年3月19日，大型原创交响声乐套曲《东江组歌》创作组到我馆采风。

　　2015年3月20日，由东莞市文化广电新闻出版局设计策划的《东莞市创建国家历史文化名城图片展》在我馆临时展厅巡回展出，展期为13天。

　　2015年4月16日，中国博物馆协会纪念馆专业委员会2015年通讯员工作总结交流座谈会在我馆举行。

　　2015年7月4日，由东莞市文化广电新闻出版局、东莞市大岭山镇人民政府主办，广东东江纵队纪念馆、香港东江纵队历史研究会、东莞市东江纵队历史研究会承办的《克尔日记》首发仪式在我馆举行。东莞市政协原主席、市关工委主任刘树基，克尔中尉的儿子Andrew H.Kerr（安德鲁.H.克尔）和David C.Kerr（戴维.C.克尔）两家人及当年参与营救克尔的相关人员后代、部分东纵老同志、东纵后人等100多人参加了首发仪式。

　　2015年8月3日：由省委宣传部、省军区政治部、省国防教育办公室主办的“重走南粤抗战路”新闻媒体采访报道系列活动之“走进东莞大岭山革命老区”活动在我馆开展。

　　2015年8月，以东江纵队港九大队手枪队队长刘黑仔的抗战事迹为蓝本绘制的漫画书《虎穴神枪刘黑仔》由光明日报出版社正式出版。

　　2015年9月，汇编我馆开馆十年陈列展览、文物征集、文史研究、多元宣教等工作成果的《薪火》图册，由广东人民出版社南方出版传媒正式出版。

　　2015年9月1日，由广州市文化广电新闻出版局及广州雕塑院主办，我馆协办的“纪念中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利70周年——广州雕塑院作品展”首次在我馆开展。

　　2015年9月3日，优秀书报刊收藏家、中国收藏家协会书报刊收藏委员会副秘书长姚嘉康先生向我馆捐赠广东人民出版社于1983至1984年间出版的《手枪队》和《手枪队长》系列连环画。

　　2015年10月28日，原广东人民抗日游击队东江纵队港九大队政治委员、新华社香港分社原副社长陈达明偕同广州地区老游击战士联谊会向我馆捐赠图书一批。

　　2015年11月6日，二战时期援华美军第十四航空队唐纳德.克尔中尉的儿子戴维.克尔先生，来馆捐赠其父当年的脱险纪实手稿，王红星馆长代表该馆接受捐赠并向克尔家人颁发了荣誉证书。

　　2015年11月18日，我馆举行与东莞职业技术学院大学生思想政治教育社会实践基地揭牌仪式。

　　2015年11月18日，我馆藏品数据通过第一次全国可移动文物普查数据验收。

　　2015年11月，以东江纵队独立第三中队少年班“黄友模范班”五名烈士的抗战故事为蓝本绘制的漫画书《老虎山下英雄五少年》由光明日报出版社正式出版。

      2016年9月，广东省武警总队“党史军史共建教育基地”挂牌。

      2016年9月，与大岭山镇文广中心联合录制的广播连续剧《火凤凰（英雄母亲）》获得第十六届中国广播剧研究会广播剧专家奖金奖。

      2018年9月4 日，我馆向市文广新局提交《关于呈请向市政府上报广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目的请示》，申请从2019年开始启动我馆基本陈列全面改陈布展工作。

      2018年10月22日，市文广新局向东莞市人民政府呈报《关于广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目的请示》，请求东莞市政府同意对广东东江纵队纪念馆基本陈列进行全面改陈布展，同时对周边配套参观环境进行相应的整治。

      2019年4月1日，我馆向市文化广电旅游体育局报送《关于呈请审核并向市发展和改革局上报广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目可行性研究报告的请示》。

      2020年1月，东莞市发展和改革局向市政府报请审批《广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目可行性研究报告》。

      2020年2月6日，我馆收到市发展和改革局发来的《关于广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目可行性研究报告的批复》，该项目得到了立项批复，项目由广东东江纵队纪念馆组织实施，由市文化广电旅游体育局和广东东江纵队纪念馆管养，由市城建工程管理局负责代建。

      2020年2月27日，我馆印发《关于印发<广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目工作分工一览表>的通知》（东纵通[2020]1号），并抄报局和市城建局。

      2020年3月10日，《东莞市人民政府办公室关于印发<市政府一号文2020年行动计划>（东莞市民生项目清单）（2020-2021年）的通知》，我馆的改陈项目被纳入2020年东莞市民生项目清单中。

      2020年6月29日，东莞市国防教育主题公园揭牌暨东莞市国防教育讲师团成立仪式举行。

      2020年7月7日，广东东江纵队纪念馆陈列展览项目（即全面改陈布展项目展陈标段）公开招标由市城建工程管理局在东莞市政府采购网等政府采购平台发布。

      2020年9月3日，我馆向上级主管部门市文化广电旅游体育局提交《关于广东东江纵队纪念馆闭馆改造的请示》；9月14日，收到市局《关于同意广东东江纵队纪念馆闭馆改造的批复》；9月18日，纪念馆正式闭馆。

      2020年9月9日，广东省保密局在我馆举行“广东省保密教育示范基地”授牌仪式。

      2020年11月20日，广东东江纵队纪念馆基本陈列全面改陈布展项目土建工程标段由市城建工程管理局在东莞市公共资源交易网发布公开招标公告。

      2020年12月21日，评为国家三级博物馆。 

      2021年2月3日，收到广东省文物局下发的《广东省文物局关于在全国重点文物保护单位大岭山抗日根据地旧址建设控制地带内新建配套设施设计方案的意见》，同意建设设计方案。

      2021年4月18日，王红星馆长参加录制央视国防军事频道栏目《讲武堂》之四集专题系列节目《烽火东江》。

      2021年6月10日，我馆向东莞市文化广电旅游体育局发出《关于审定广东东江纵队纪念馆“东江铁流 南粤旌旗”基本陈列讲解词的请示》。

      2021年6月15日，我馆全面基本陈列改造项目正式完工。

      2021年6月24日，重新开放启动仪式举行，市委、市政府四套班子全体成员参加。

      2021年11月10日，中国人寿保险公司向省级以上革命文物保护单位捐赠保险仪式在我馆举行。

      2022年7月6日， 我馆与东莞理工学院文学与传媒学院共建“ 东莞理工学院文学与传媒学院教学实习基地”。

      2023年3月2日，被广东省社会科学界联合会评为“广东省社会科学普及基地”。 

      2023年3月2日，被东莞市大岭山镇少先队工作委员会授予“东莞市大岭山镇少先队校外实践教育营地（基地）”。

      2023年3月3日，我馆与武警警官学院训练基地共建“大思政课”实践教学基地。

      2023年3月8日，我馆与广东省社会主义学院（广东中华文化学院）共建“现场教学基地”。

      2023年5月10日，我馆与东莞城市学院艺术学院共建“红色艺术实践教育基地”。

      2023年11月22日，被广东省教育厅公布为广东省首批“大思政课”实践教学基地。

      2024年8月23日，被中国博物馆协会公布为第五批全国博物馆定级评估国家二级博物馆。